A réception de la déclaration, la caisse (suivant le cas, la caisse primaire d'assurance maladie ou la caisse de Mutualité sociale agricole) diligente une enquête médicale et administrative. Elle informe l'employeur, le médecin du travail et l'inspecteur du travail de cette déclaration.
A compter de la réception de la déclaration, la caisse dispose d'un délai de 3 mois pour statuer. Le non réponse de la caisse dans ce délai vaut reconnaissance du caractère professionnel de la maladie.
Toutefois, si elle l'estime nécessaire, la caisse peut procéder à une enquête complémentaire. Dans ce cas, elle doit en informer le demandeur avant l'expiration du délai de 3 mois dont elle dispose pour se prononcer, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Elle dispose alors d'un nouveau délai de 3 mois pour se prononcer (R. 441-10 et R. 441-14 du code de la Sécurité sociale).
Si la demande est soumise au comité régional de reconnaissance des maladies professionnelles (voir question n°3), le délai imparti à ce comité pour rendre son avis s'impute sur les délais accordés à la Caisse. La saisine de ce comité ne prolonge donc pas le délai maximum de 6 mois dont dispose la caisse pour statuer sur une demande de reconnaissance de maladie professionnelle.
La décision de la caisse est notifiée à la victime par lettre recommandée avec demande d'avis de réception et en cas de refus, un double de la notification est adressé à l'employeur pour information (R. 441-14 du code de la Sécurité sociale pour le régime général, D. 752-79 du code rural pour le régime agricole).
Toute notification de refus doit comporter mention des délais et voies de recours dont dispose la victime.